微生物膜應在2℃-8℃干燥儲存，保質期為一年。使用前，量取約500mL 0.005 mol/L的磷酸鹽緩沖液，倒入活化盒中，加入約2g葡萄糖和0.5g谷氨酸，為微生物提供營養。取一片生物膜，放入營養液中，蓋上蓋子，通電。此時活化箱內的溫度保持在35℃左右，適合微生物的生長。浸泡48小時（溫度在33℃-40℃之間）。然后將其安裝在電極上，將儀器的進出液管放入活化盒中，讓生物膜在儀器的清潔工作狀態下繼續活化。這時儀器的信號會慢慢下降。這是因為微生物逐漸增多后，消耗了周圍的溶解氧。大約十幾個小時后，信號會降到最低，大約100左右，這意味著有足夠的微生物。然后將進水管放入清洗液中開始清洗流路，信號逐漸上升，幾個小時后，上升變得非常緩慢。大約 1000左右，甚至更高。激活現已完成。

剛剛被激活的膜不夠穩定。清洗液與 25mg/L 標準樣品交替進樣，即清洗 8 分鐘，進樣 8 分鐘，循環數次以達到穩定輸出。